補助金を活用したシステム開発でおすすめの開発会社16社【2025年版】

補助金とは、国や地方公共団体が事業者に向けて、返済不要な貨幣を支給してくれるための制度です。補助金には「IT導入補助金」をはじめ「事業再構築補助金」「小規模事業者持続化補助金」「ものづくり補助金」といったものがあり、これらの助成を受けることで、ホームページ制作やアプリ開発、システム導入がしやすくなったり、新規事業に取り組みやすくなったりするといったメリットが生じます。

この補助金を活用し、ITツール導入を検討する場合には、補助金制度に強い開発会社に依頼することがベスト。補助金申請に必要な資料作成をサポートしてくれるため、非常におすすめです。

そこで本記事では、日本最大級のシステム開発会社ポータルサイト「発注ナビ」が厳選した、補助金を活用したシステム開発でおすすめの開発会社16社をご紹介します。

 

目次

 

 

 

1. 補助金の申請代行・書類作成までトータル対応可能なシステム開発会社

●株式会社PPFパートナーズ

株式会社PPFパートナーズは、2015年に設立されたシステム開発会社です。大阪府大阪市にある本社および東京、福岡の３拠点体制でさまざまなシステム開発とサービスの提供を行っています。同社はもともと、NTT西日本の事業に参画したことがきっかけで創立した会社であり、現在もNTTグループが主要な取引先です。

同社が最も得意とする分野は、従業員数100名以下の中小企業様向けの業務システムやWebシステム、アプリ開発など。なかでも、在庫管理や販売管理、勤怠管理、流通管理、生産工程管理などの業務システム開発の実績が豊富です。また、補助金申請の煩雑な手続きを無料で代行し、IT化を促進できるようなサポートを行っているのも魅力のひとつ。申請手続きの代行はもちろんのこと、お客様の業務やお悩みをお伺いして、適切なIT導入・活用プランを提案しています。

また自社プロダクトである「モッタイナイゼーション」は、お客様からも非常に好評です。こちらは、長い間使い続けてきたシステムの「使い勝手はそのまま」に、新しいシステムに作り変えるサービスです。

 

会社所在地	大阪府大阪市北区天神橋1-7-17 イケガミノースハウス4F
設立	2015年7月
対応エリア	関東、中部・北陸、関西、九州・沖縄
対応領域	業務システム、WEBシステム、アプリ開発

 

 

 

●株式会社ベンジャミン

株式会社ベンジャミンは、東京都中央区に本社を置くシステム開発会社です。2017年の設立以来、業務システムやWebシステム開発、サーバ・クラウドの構築などを手掛けてきました。同社の強みは、システムの開発と同時に、AWSを中心としたインフラ構築にも強みを持っている点。AWSのセレクトティアコンサルティングパートナーでもあるため、AWSを活用したインフラ構築からWebシステムまで安心してご依頼できます。

社内に所属するフルスタックエンジニアは経験が豊富な人材ばかりで、専門分野ごとの幅広い業務知識やシステム構築に関するノウハウを持っています。そのため、要件定義から設計、テスト、保守・運用、インフラの構築まで、すべてをワンストップで対応可能です。これまでに手掛けたシステムの例としては、農場の上を飛行するドローンから取得したデータを集計、分析して結果を送信するシステムや、AWSでサーバレスの技術を使って再構築した大量アクセスにも耐えられるカフェ予約システムなどがあります。

また、IT導入支援事業者に認定されているのも同社の特長のひとつ。補助事業を実施するうえでの共同事業者として、中小企業・小規模事業者の生産性向上に役立つITツールの提案・導入及び、経営診断ツールを利用した事業計画の策定の支援、各種申請の手続きのサポートを行っています。

 

会社所在地	東京都中央区日本橋久松町6-9 AS ONE日本橋EASTビル4F
設立	2017年6月
対応エリア	全国、海外
対応領域	業務システム、WEBシステム、サーバー・クラウド

 

 

 

●Heligate Japan株式会社

Heligate Japan株式会社は、2014年設立されたシステム開発会社です。東京都千代田区に日本拠点があるほか、ベトナム・ハノイに開発チームを置き、オフショア開発も手掛けています。社内にはベトナムトップクラスのハノイ工科大学出身の優秀なエンジニアが多数在籍しており、業務システム・Webシステムの開発、AIのテクノロジーを組み込んだアプリ開発、スマートフォン向けアプリ、Webアプリの開発を得意としています。社歴はそれほど長くありませんが、既に日本企業の案件に対応した実績も豊富です。

同社の強みは、先端的なテクノロジーを活用したシステム開発ができる点。たとえば、AIとOCRを活用した医療用画像処理システムや、ブロックチェーンを活用した仮想通貨の電子ウォレットのシステム、IoTを活用した建物の設備管理システムなどで多数の開発経験があります。また、ヘルスケア分野に適用できるソリューションを強化研究しており、近々AI学習用のアノテーションを本格的なサービスとして展開する予定です。

さらに同社では、事業再構築補助金の申請サポートも行っています。

 

会社所在地	東京都千代田区岩本町3-5-14 リベラ岩本町901
設立	2019年4月
対応エリア	全国、海外
対応領域	業務システム、WEBシステム、アプリ開発

 

 

 

 

 

●合同会社TPC

合同会社TPCは、2022年に設立された東京都台東区に本社を置くIT企業です。

同社はAWSプラットフォームで自社独自のSaaSサービスを展開しており、Webシステムに関する知見は豊富です。クラウド導入の相談はもちろん、自社でSaaSサービスを展開したいという企業の方や既存のSaaSサービスをよりスケールアウトしたいという企業の方に対し、開発や運用、改修に加えて営業やデジタルマーケティング施策など全般にわたってサポートします。

開発方法についても、運用を見据えて迅速かつ継続的な開発を行うべく、DevOps手法を取り入れて開発環境を構築。短い期間で実装からテスト、検証を繰り返しながら開発を進めていくので、お客様の要望と乖離することなく、高品質なシステムを迅速に提供します。

また、行政書士事務所ともパートナーシップを提携しているため、補助金申請サービスを活用して開発費用の一部を補える点もメリットの一つ。IT導入補助金やものづくり補助金の申請もサポートしています。

お客様の元でじっくり課題に向き合い、より密に連携しながら対応してくれますので、気になる方はお気軽にご相談してみてはいかがでしょうか。

 

会社所在地	東京都台東区浅草3-21-8 サリックス浅草702
設立	2022年5月
対応エリア	全国
対応領域	業務システム、WEBシステム

 

 

 

●クレバー株式会社

クレバー株式会社は、2023年に設立された東京都新宿区新宿に本社を置く会社。お客様のビジネスの個性と強みを活かす開発・制作ソリューションを強みとしています。

同社はフルスクラッチ開発からノーコード開発まで幅広く対応可能。補助金・助成金を活用した開発も支援しています。Webシステムの開発について、さまざまな開発手法に対応可能であり、お客様の細かな要望を正確に反映したシステムをゼロから構築するためのフルスクラッチ開発にも対応しています。

また、予算と工数をおさえてWebサービスを早期にリリースするため、ノーコードツールおよびローコードツールを使った開発を提案することも可能。IT導入補助金の支援事業者に登録しているため、申請書類の作成や事業計画書の設計および改善などの支援を行うこともできます。

幅広い開発手法の中から、お客様に最も合うものを提案してくれる同社。企画立案から開発・制作後の運用まで、お客様に親身に寄り添ってくれるだけでなく、スケジュールや予算が固まっていない場合も安心してご相談できる会社です。

 

会社所在地	東京都新宿区西新宿6-26-11 成子坂ハイツ 1105
設立	2023年9月
対応エリア	全国、海外
対応領域	WEBシステム、ホームページ制作

 

 

 

●ALION株式会社

ALION株式会社は、2021年に設立された東大阪市北区に本社を置く開発会社。日本と台湾それぞれに拠点を構え、連携しながらお客様のシステムを開発しています。

同社は、これまでにさまざまなWebシステムおよびモバイルアプリの開発を経験してきました。GMOインターネットグループ株式会社、株式会社朝日新聞社をはじめとした大手企業の開発を支援した経験も豊富にあります。

また、プログラミングを主体とする開発作業のみならず、企画提案・要件定義・設計といった上流工程の支援も得意としており、抽象的なアイデアや課題のみをお持ちのお客様に対しては、それらの壁打ち・具体化から支援を行い、後工程の開発・実装・保守運用につなげていくことができます。

さらには、生成AIをはじめとする先端技術にも対応しているため、「AIで自社のサービスや業務がどう変わるか知りたい」というお客様への提案も得意です。場合によっては、開発に活用できる補助金の申請も支援していますので、予算に不安のある方も一度ご相談してみるとよいでしょう。

 

会社所在地	大阪府大阪市北区芝田2-8-11 共栄ビル3F
設立	2021年2月
対応エリア	全国、海外
対応領域	WEBシステム、アプリ開発

 

 

 

 

 

2. コンサルティングやIT戦略支援と併せて補助金活用が得意な開発会社

●株式会社AITC

株式会社AITCは、2020年に設立された愛知県名古屋市に本社を置き、インフラ構築・システム開発のみならず、開発後の集客支援やセキュリティ支援にもワンストップで対応できる開発会社です。

同社は自社サービスを提供しており、WebシステムのUI/UXデザインには自信があります。自社のサービスを利用してPDCAを回し、考え抜いてきた経験はお客様のシステムにおけるUI/UXを構築する際にも役立つと考えています。特に意識しているのは、エンドユーザーの視点に立ってUI/UXを構築すること。システムにおけるユーザーの動きを自然にし、かつコンバージョンの実現に焦点を当てたものを作れるよう全力を尽くしています。

また同社は、システム開発後の集客支援にもワンストップで対応が可能。お客様の中には開発したシステムを武器に集客数を増やし、売上を高める施策を展開する社内リソースがないという課題を抱えているケースがあります。こうした課題に対応するため、集客支援・デジタルマーケティング支援をワンストップで実施しています。

開発の際にはいかに予算をおさえるかが課題となり、真の意味で課題を解決するシステムを作れない場合がありますが、こうした予算の問題を解決するのが補助金を利用したシステム開発です。同社では自社で行政書士と中小企業診断士を雇用しており、補助金を利用した開発提案・申請代行が可能です。

 

会社所在地	愛知県名古屋市東区葵3-12-7 AMS葵3-5C
設立	2020年7月
対応領域	業務システム、WEBシステム

 

 

 

●株式会社哲英

株式会社哲英は、2014年に設立された神奈川県横浜市に本社を置くシステム開発会社で、「経営・ITコンサルティング」「ソフトウェア開発」「プログラミング教室」の3つの事業を展開しています。

同社の強みの一つが質の高いコンサルティングができることです。代表は日本の企業や組織への経営品質向上の考え方と活動を普及・推進するために創設された権威ある日本経営品質賞に関わったことをきっかけに、経営品質の考え方を取り込んだ「顧客価値創造支援」を業種にこだわらず行っています。

特にDX推進やIT化が遅れていると言われる中小企業支援を得意としており、企業のIT経営戦略策定からIT運用まで幅広いサポートをワンストップで対応しています。要件定義の前にコンサルティングを実施することで、「なぜITを導入するのか」ということを経営戦略や経営目標、経営課題を明確にするところから入り、あるがままの現状を把握した上でシステム仕様に落とし込むことが得意です。併せて、IT導入に関する各種補助金の利用を視野に入れた提案も得意としています。

 

会社所在地	神奈川県横浜市港北区新横浜3-7-18日総第18ビル
設立	2014年4月
対応エリア	全国
対応領域	WEBシステム、ホームページ制作

 

 

 

●株式会社セントラム

株式会社セントラムは、2021年に設立された大阪市西区に拠点を構え、主にWebシステム開発、ホームページ/ECサイト制作、デザインコンサルを手掛けている会社です。

同社はデザインを本質的に活用し、コンサルティングも行っています。市場調査を実施してマーケティング戦略の支援を行ったり、競合調査によりLP、リスティング広告などの広告戦略やSNS戦略の支援を行ったりと、お客様の商品やサービスの特性を活かした戦略立案を支援しています。

また、要件定義から保守まで幅広く、かつ丁寧に対応できることも強みです。お客様のWebシステム作成の目的や要望を深く理解するとともに、プロジェクト経験があまりないお客様にも理解してもらえるように、定例の進捗報告会や質問会などにも適宜対応します。

ものづくり補助金は、革新的サービス開発・試作品開発・生産プロセスの改善を目的とした設備投資に対する助成金であり、Webシステムの開発でも申請できますが、同社ではこのような助成金の活用もサポートすることが可能です。助成金の活用によって、お客様はコストを抑えながら、よりよいWebシステム導入が行えます。

 

会社所在地	大阪府大阪市西区北堀江1-23-9 1F
設立	2021年5月
対応領域	WEBシステム、ホームページ制作、ECサイト構築

 

 

 

 

 

●株式会社スムー

株式会社スムーは、2019年に設立された東京都三鷹市に本社を置く開発会社。ITサービスの構築・運用、Webサイト・アプリ制作、システム開発といった受託開発と、自社開発の飲食店向け集客支援ツール「ReNew」の提供を中心に事業を展開しています。

同社の強みの一つが自社開発のツールをサービスとして提供・運用をしている点にあります。自社でサービスを提供していることから、システムやサービスの設計から運用支援までの幅広い知見・ノウハウを蓄積し、サービスや事業全体をトータルに広い視野で見据えることが可能。単なるWebシステムやWebサイトの開発だけでなく、お客様の事業にとって必要なデザイン性やマーケティング施策までワンストップで提案ができることを強みとしています。

また補助金の申請サポートも行なっている同社。特にDX推進は開発工数が膨らみがちなため、補助金活用での予算拡張は有効な手段の一つです。コストも品質もバランスの良いWebシステムのことでしたら、ぜひ同社にお任せください。

 

会社所在地	東京都三鷹市下連雀3-22-15 山野ビル2F
設立	2019年3月
対応エリア	全国、海外
対応領域	WEBシステム、ECサイト構築

 

 

 

●株式会社リヴィティエ

株式会社リヴィティエは、2009年に設立された東京都文京区に本社を置くWebアプリやモバイルアプリなどのソフトウェア開発を中心事業としたシステム開発会社です。

同社は設計から開発、運用までワンストップ対応しているほか、XRやAI、IoTなどの先端技術にも積極的に力を入れており、自社プロダクトとしてもARを使ったナビゲーションシステム「SpottAR(スポッター)」をリリースしています。

同社の特徴の一つに柔軟な対応力があります。予算が限られていて新規システム導入がなかなか難しいお客様には、既存システムのリプレースを提案したり、リリースまでのスケジュールがタイトで開発期間が十分に取れないお客様には、主要な機能から順次リリースしたりと、お客様の要望に応じて柔軟に対応できます。

また、予算面でも柔軟な提案が可能な同社。補助金取得の専門家と密に連携していることで、補助金を利用した開発についても提案することができます。

システム開発に限らず経営全般や事業に関する悩みを相談することで、ITやシステムを活用したお客様に相応しいソリューションを提案してくれることでしょう。

 

会社所在地	東京都文京区湯島3-1-5 アール・デコ御茶ノ水6F
設立	2009年7月
対応エリア	全国、海外
対応領域	業務システム、WEBシステム、AI

 

 

 

●株式会社CIOコネクティッド

株式会社CIOコネクティッドは、2020年に沖縄県島尻郡に本社を置く開発会社。上流工程においては、お客様の課題や要件の整理を含めたコンサルティングから入ることができ、お客様に最適なシステムを提案しています。

また、システム開発だけでなく開発資金の獲得もサポートできることも強みの一つ。お客様の財務状況を確認しながら中期的な収支計画の立案をお手伝いし、金融機関との融資の調整や各種補助金の申請を支援します。特に補助金申請の採択率は80％を超えています。

システム開発にはある程度の予算が必要ですが、投資をするには社内で予算や内訳などをまとめて稟議を通さなければなりません。その際、予算の100％を会社が負担する場合と補助金で80％をカバーできる場合とでは決裁者の印象も変わってくるでしょう。その点同社では、決裁者に起案するための資料を担当者と一緒にまとめるサポートもしています。

 

会社所在地	沖縄県島尻郡南風原町津嘉山423 September 2F
設立	2020年7月
対応エリア	全国、海外
対応領域	業務システム、コンサル・PM

 

 

 

 

 

3. 補助金を活用しながらスピーディーな開発が可能な開発会社

●株式会社Walker

株式会社Walkersは、2021年に設立された東京都港区に本社を置く開発会社です。

同社は、ノーコードやAIなどを活用することで開発効率性を徹底的に追及しています。 ノーコードと聞くと、そのクオリティを懸念する方もいますが、ノーコードのテクノロジーは日々凄まじい勢いで発達し続けており、現状にできないことはほぼありません。

システム開発は、要件/課題の整理不足から仕様変更が生じることで失敗に終わりやすく、失敗率は6割に達するとも言われています。しかしノーコードであれば、カスタマイズの許容範囲が広く、ある程度の方向転換もローコストで実施が可能。同社は、ノーコード活用により満足度の高いプロダクトをクライアントに確実に提供しています。

コスト面に関しては、補助金を用いた費用の軽減というメリットも提供している同社。補助金申請支援事業者としての実績も豊富なため、「ノーコード活用により3分の1まで開発費用を圧縮した上で、補助金を用いてさらに費用を削減」といった形の提案を行うこともできます。

 

会社所在地	東京都文京区目白台2-9-4-101
設立	2021年8月
対応エリア	全国
対応領域	業務システム、WEBシステム、アプリ開発

 

 

 

●DISサービス株式会社

DISサービス株式会社は、2014年に設立された愛媛県松山市に本社を置く会社。セキュリティが堅牢な金融システムやMicrosoft365の知見を活かした開発を強みとしています。

同社のWebシステム開発では、Microsoftが提供するローコード開発プラットフォーム (Microsoft Power Platform)を積極的に活用しています。Power Platformは、Microsoft製品であるため、Officeソフトと高い親和性を持ちます。Excel業務のアプリシフトなどは特に強みとしており、こうしたメリットをフルに活かした開発サービスが提供可能です。なお、同社はIT導入補助金ベンダーでもあるためこうしたPower Platform を用いた開発に補助金を活用する提案ができる点もポイントとなっています。

現在は、セキュリティの堅牢さが必須となる金融システムの開発/運用と共に、Webシステム開発/運用やネットワーク・インフラ構築・運用、ホームページ制作も展開。お客様の要望に合わせて、フルスクラッチでの開発にも対応しているという同社。地元・松山のお客様はもちろん、堅固でスピーディなIT対応をお望みのお客様は、一度ご相談してみてはいかがでしょうか。

 

会社所在地	愛媛県松山市空港通り1-2-5
設立	2014年2月
対応領域	業務システム、WEBシステム

 

 

 

●株式会社R&D

株式会社R＆Dは、東京都港区に本社を置くシステム開発会社です。慶應大学や東京大学でAI研究、ソフトウェア開発などを行っていたメンバーを中心に2020年に立ち上げられました。主な事業は、Webアプリケーションやスマートフォンアプリの受託開発で、お客様のビジネス課題解決へ向けた最適なプロダクトの提案から、開発後の保守運用サポートまで一貫して対応することが可能です。

「日本最速の開発」をビジョンに掲げる同社では、ベンチャー出身のエンジニアたちによる「短期間での開発」を得意としています。社内のメンバー全員がコードを書くことができるほか、要望を細かくヒアリングして設計に移るため、余計な手戻りがないのも魅力。また、Next.jsやFlutterといった最新の技術スタックを用いることで、パフォーマンスの高さや保守運用のしやすさと同時に、開発スピードの早さ、品質、安定性を担保できるのが特長です。

また、日ごろから「スモールスタートでの開発」を心掛けている点も見逃せません。あえて一番重要な機能のみの効果検証から提案したり、既存システムの強みを活かした連携システムの提案を行ったりすることで、お客様の要望を着実に実現させることができます。

 

会社所在地	東京都港区南青山5-4-27-902
設立	2020年10月
対応エリア	関東、中部・北陸、関西
対応領域	WEBシステム

 

 

 

●株式会社GOSPA

株式会社GOSPAは2014年に設立された東京都新宿区に本社を置くシステム会社。「Goal、Object、Strategy、Plan、Action」の頭文字から命名した同社の社名は同時に理念でもあり、社員一人ひとりの“GOSPA”によって、ITを中心に世の中に新しい価値を創造し続けます。

同社は、大規模ECサイトやポータルサイト、オンライン予約システム、業務基幹システム、SNS等、幅広い分野の業務システムやWebシステムの開発実績があります。プロジェクトごとに専門性の高いスタッフでチーム編成を行うため、要件定義から提案までの流れも非常にスムーズで、開発においてもスピード感のある臨機応変な対応が可能です。

また、システムの中身だけでなくUI/UXを含めたWebデザインや、集客のためのWebマーケティング、さらにはシステムを動かくサーバやネットワークといったインフラなど、システム開発に関わるあらゆる面について、ワンストップで対応しています。

たとえば、IT関連の補助金や助成金の適用についてもアドバイスが可能。申請にどのような条件や手続きが必要か、お客様が条件を満たしているかどうかなど調べることも可能です。すでに何件もの実績があるため、安心して相談できます。

 

会社所在地	東京都新宿区四谷坂町12-21 コモンズビル4F
設立	2014年8月
対応エリア	関東、中部・北陸、関西、九州・沖縄
対応領域	業務システム、WEBシステム

 

 

 

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